Viện Nông nghiệp và Môi trường được thành lập vào ngày 15 tháng 09 năm 2020, trên cơ sở hợp nhất Khoa và Trung tâm Nghiên cứu và Thực nghiệm Nông lâm. Viện thực hiện chức năng đào tạo cán bộ kỹ thuật trình độ cao và nghiên cứu khoa học công nghệ trong lĩnh vực Nông, Lâm, Ngư nghiệp, Phát triển nông thôn, Quản lý tài nguyên môi trường và Sinh học, góp phần thực hiện các mục tiêu kinh tế xã hội của tỉnh Quảng Bình và các tỉnh khu vực Bắc Trung Bộ.